Ærø Museum i Ærøskøbing er i økonomisk knibe, fordi stadig færre besøger museet og fordi kommunen har halveret de sædvanlige ekstraordinære tilskud til 200.000 oven i den million som museet får fast. 

Museets dårlige økonomi har fået Slots- og Kulturstyrelsen til at sætte Ærø Museum under skærpet tilsyn, da den vurderer, at det kan være vanskeligt for museet at opfylde sine lovpligtige faglige forpligtelser. Museet får her i 2022 i alt 1,2 millioner fra Slots- og Kulturstyrelsen.

Museet håber nu, at kommunen vil give 1,4 millioner i 2023, fordi staten i så fald vil give det samme.

Museet har med udgangen af 2022 fået frataget retten til at drive udstillingsstedet Søbygaard, fordi aktivitetsniveaeuet var for lavt. Men billetindtægterne kommer primært fra Søbygaard, så der er ikke mange indtægter tilbage fra 1. januar 2023.

I museets nye strategiplan lægges der op til, at cafédrift på museet i Ærøskøbing skal være en væsentlig indtægtskilde fremover. Desuden er håbet, at der på sigt vil komme 5 millioner årligt i tilskud fra fonde, stat og kommune.

Slots- og Kulturstyrelsen har igennem de sidste 20 år foreslået at museet blev slået sammen med Marstal Søfartsmuseum, men personlige og bymæssige modsætninger har hidtil forhindret det. 

Ærø Museum har nu taget initiativ til et formaliseret samarbejde med Marstal Søfartsmuseum om billetsalg, skoletjeneste og en større udstilling.